この間から、Pythonのグラフ描画ライブラリであるMatplotlibを使ってNetworkXのアニメーションを作ってみています。
このMatplotlibがかなり高機能で、物理シミュレーションの可視化にも便利なんじゃないかな～と思い始めてきました。
ギャラリーを見ると様々なグラフがありますし、サンプルコードもあるので再現も楽そうです。
まず、また、一般的に物理屋さんが使っているgnuplotと違って、プログラミング言語のPythonの拡張機能であるためコードの再利用が簡単な点にも惹かれます。
「Matplotlib でグラフプログラミング【Python】」というスレにgnuplotとmatplotlibの比較がありました。
3 ：デフォルトの名無しさん：2009/10/24(土) 21:07:30
http://pc12.2ch.net/test/read.cgi/unix/1164719425/708 より：
gnuplot vs matplotlib
2Dプロット系： "できること" で言えば、パイチャートなどがデフォルト
でプロットできる matplotlib の方が上。ちょっと混み入った設定や
アノテーションの加え方も matplotlib の方が楽。
3Dプロット系： 完成度と速度の面で gnuplot の勝ち。
プロットプログラムの再利用性： これは matplotlib の余裕勝ち。
見た目の綺麗さ： matplotlibではデフォでグラフにアンチエイリアスや
ヒンティングがかかっている。gnuplot だと wx 末端を使えば
matplotlibのそれとほとんど同様になるが、他の末端も
含めて評価するとmatplotlibに軍配が上がる。
数式： TeXのフォントがデフォルトで入っていて、インストール直後
LaTeXのインストール無しでも即効TeXと同じように書けるので matplotlib の勝ち。
結論としては、多種多様のプロットを生成したいのであれば、
matplotlibを使った方が長期的に見て効率が良さそう。特に python 使い
であれば、断然 matplotlib の方が有利。それと、gnuplotはあまり融通
が効かず、ちょっとした変更が時に面倒だったり、"できそうでできない"
ことが何気に結構あったりしたが、matplotlibなら、その心配は無さそう。
しかし、「簡単にsin(x)のプロットが作れればいいやー」程度のユーザーなら、
gnuplotでいいと思うし、そういった単純なグラフなら gnuplot の方が簡単。
実は私はgnuplotになじめず、ほとんどグラフの描画には統計解析ソフトのRを使っていました。それと比べても、標準でTeXの数式が書ける点、（個人的に）Pythonのほうがプログラムとしてコードが読みやすく用途が限られない点でいいと思います。
また、おしゃれなグラフのテンプレートも用意されています。XKCD（棒人間のWebコミックらしいです）風にプロットする機能などがあるようです。
XKCD Plots in Matplotlib: Going the Whole Way
ちなみに、これをヒストグラムに試したところ、めっちゃ邪悪な感じになってしまいました。
学業的にはアレかもしれませんが、こういう遊びのある機能が用意されてるのもクールですね！ヒマがあれば他のも試してみたいと思います。
